在人体的消化吸收过程中，小肠起着非常重要的作用，因为我们的肠壁只能吸收小分子物质，如氨基酸等。但是人体摄入的食物都是一些大分子的物质，这就需要蛋白酶、胆汁、胰液的分泌来对这些大分子物质进行消化，将其转化为多肽类物质，再通过小肠壁吸收。
《类经·藏象类》曰：
“小肠居胃之下，受盛胃中水谷而分清浊，水液由此而渗入前，糟粕由此而归于后，脾气化而上升，小肠化而下降，故曰化物出焉。”小肠主受盛化物，小肠接受贮盛由胃下来的初步消化的饮食物，并对饮食物进行进一步消化，将其转化为精微物质，即小肠壁能够吸收的营养精微。既然人体内存在能进行消化吸收的营养精微物质，也就必然存在机体不能消化吸收的残渣和多余的水液，对于这些物质需要将其排出体外。也就是要经过肾、膀胱以及大肠的作用形成尿液和粪便，这就是小肠的泌别清浊作用。而如果消化吸收不良，就会出现腹胀、肠鸣、腹泻或便溏。中医在治疗这类疾病时，有这样一种思路叫“利小便以实大便”。也就是说一个人出现了便溏的情况，人体中的水液从大肠而走，没有归入到膀胱，导致小便短少，大便溏稀，可通过增加小便的排量以减少大便中的水液来治疗。
心与小肠是表里脏腑
《素问·灵兰秘典论》：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”小肠接受经胃初步消化的饮食物，进一步消化和吸收，化生气血精微，其代谢功能正常与否对血液成分产生直接影响。正常生理情况下，心火敷布小肠，小肠受盛化物、泌别清浊的功能得以正常进行。病理上，心移热小肠，出现心烦、口舌生疮、糜烂等症状。
《中藏经》：小肠实则伤热，热则口生疮。若影响泌别清浊功能，常见小便短赤，尿道灼热疼痛。甚则尿血等症状。
从解剖位置来看，心与小肠相距较远，貌似他们之间的关系并不那么密切。但是如果我们把心看作是体循环、肺循环以及冠脉循环三个路径的话，那么在体循环中腹主动脉的位置恰好位于小肠之下。所以小肠的功能就和腹主动脉的功能之间建立了联系。通过小肠去刺激腹主动脉，进而调整到心的功能、调节心的血流。
因此我们有一个非常重要的穴位——气海穴，气海穴作为下丹田之一，可调节人体重要的心肾功能，而心肾肝的功能都和血流状况相关。当我们针刺气海穴时，针尖透过腹壁引起小肠蠕动，进而影响到腹主动脉的血流，可对人体的代谢、循环功能以及心功能进行调节。同时这也就能解释为什么刺激气海穴能调节患者血压。
从经脉角度解读心与小肠的表里关系
在经脉循行路线中，心手少阴之脉与小肠手太阳之脉在前臂共用了一块肌肉——尺侧腕屈肌。继续往上，小肠手太阳之脉“出肩解，绕肩胛，交肩上”，与肩胛骨以及肩胛部位的多块肌肉建立了密切的联系，主治外周经筋病。而心手少阴之脉行于内，进入腋窝之中，与血脉关系较为密切。所以两经一表一里，一个在筋肉，一个在血脉；一个起保护作用，一个是调节血流状况的作用。
